日本政府首脳とは良好な関係を構築しており、日本の国会議員、地方自治体首長等の清華大学・中国に対する理解を得られるように邁進しております。

2015年には日中関係が悪化し、多くの困難に見舞われました。この年、二階氏は5月22日に代表団を率いて清華大学を訪問し、邱勇学長と会見なされました。二階氏は本館応接室で「海を越えた互助・平和日本構想」というテーマに関して講演を行われました。今回の二階氏の率いる代表団には日本経済界の中核人物(経団連名誉会長御手洗富士夫氏等)、や著名な芸術家である絹谷幸二氏、十数名の国会議員の方々がおられました。今回の交流を通じて、日本の国会議員、特に若手の国会議員の中国に対する理解を促し、日本の地方公共団体と清華大学の共同事業を推進します。

2017年12月27日には二階氏を清華大学に招待し、邱勇学長は本館応接室にて二階氏に名誉教授の学位を授与いたしました。二階氏は謝辞の中で両国青年の友好交流は両国関係の長い発展に至るものであり、全力で中日青年交流の推進してゆくことに尽力すると述べられました。

翌年の2018年には二階氏の多大なる支援の下、日本政府は清華大学の学生約300名が日本を訪問し、非常に大学・国会・科技館・漫画のテーマパークなどを訪問し、日本文化と生活を体験しました。この活動は清華大学学生の対日理解を促したといえるでしょう。

2018年8月29日、二階氏を清華芸術博物館に招待し、絹谷幸二絵画展の開幕式が行われました。当日、二階氏は安倍首相の祝電を持ってきていただきました。今回の開幕式では二階氏の自伝『大賀蓮世界に花開く』の出版記念イベントも同時に開催した。二階氏は文化芸術の分野において中日交流は重要な要素であり、清華大学は中日文化交流の中において重要な役割を担ってゆくことを望むと述べた。

2019年4月27日午前、国会議員・自民党幹事長の二階俊博氏が国会代表団(国会議員には、自民党幹事長代理林幹雄氏、自民党幹事長代理の金田勝年氏、衆議院災害対策特別委員長望月義夫氏、自民党主席副幹事長稲田朋美氏、自民党財務局福田照、自民党国際部部長小泉龍司氏らが含まれる)を率いて清華大学を訪問した。今回は二階俊博氏が清華大学に特別に500冊の日本の書籍と大賀ハスを寄贈しました。大賀蓮は水木清華に植えてあり、日中友好を象徴するものである。その後、校党委書記の陳旭は工字庁で二階俊博氏の一行と会見しました。

4月27日、清華大学が主催した「中日地方交流と対話」フォーラムは清華大学蘇世民書院華夏幸福庁で開催されました。清華大学副学長の楊斌、日本国駐中国大使館大使横山裕氏、自民党幹事長代理林幹雄氏、自民党幹事長金田勝年氏、衆議院災害対策特別委員長望月義夫氏、経済団体連合会審議会主席古賀信行氏、清華大学日本研究センター副理事長濱田健一郎、清華大学科技開発部主任張虎、清華大学国際処処長酈金梁、安徽省外事辦主任孫勇、湖南省人民対外友好協会専職副会長郭向麗ら専門家がこのフォーラムに参加しました。

今回のフォーラムでは、去年二階氏が応じて招待して日本を訪問した清華大学学生も参加しました。フォーラムの質疑応答の時間では学生らは日本の映画、日本の各地方のマスコットキャラクターなど各自の興味のある話題に関して質問を行い、横井裕大使と各県知事が詳細に回答しました。